El Colegio Militar Academia Pantano de Vargas nació gracias a la visión del señor Teniente Zaid Amin Cháwez Mahecha, quien, junto a su esposa, la señora María Gerarda Quecano Villarraga, soñaba con crear una institución educativa con enfoque militar que tuviera impacto no solo en el municipio de Fusagasugá, sino también a nivel regional y nacional. De esta manera, surgió la idea de fundar un colegio que respondiera a las exigencias del mundo moderno y que se consolidara como un modelo educativo en la formación de ciudadanos íntegros, con vocación de servicio, espíritu de cambio, amor por las instituciones democráticas, lealtad a la patria y como semillero de futuros oficiales y suboficiales de la Fuerza Pública.

Fue así como, el 25 de julio de 2001, en la finca La Costanera, vía al corregimiento de Novillero, se fundó oficialmente la Academia Pantano de Vargas.

El nombre del colegio rinde homenaje a la histórica Batalla del Pantano de Vargas, librada el 25 de julio de 1819 por el coronel Juan José Rondón y sus catorce lanceros, quienes tuvieron un papel fundamental en la lucha por la independencia de Colombia. Con este nombre, se exalta y honra ese glorioso acontecimiento.

A pesar de las dificultades y limitaciones iniciales, el colegio ha logrado mantenerse firme gracias al respaldo de la ciudadanía, y especialmente al apoyo de las autoridades militares, policiales, civiles y eclesiásticas, que han impulsado esta noble causa educativa. Este respaldo ha permitido importantes logros tanto institucionales como individuales por parte de los estudiantes, reflejando así el constante progreso y el compromiso con la mejora continua.

El 10 de noviembre de 2006, mediante la Resolución 3567 del Ministerio de Defensa Nacional, la institución adopta oficialmente el nombre de Colegio Militar, siendo hasta la fecha el único colegio militar de la región. Esta autorización faculta al colegio para impartir instrucción militar a sus cadetes, quienes al culminar su formación y sus estudios de educación media, reciben su Libreta Militar que los acredita como reservistas de primera clase del Ejército Nacional. La unidad que dirige la institución es el Batallón de Infantería No. 39 Sumapaz.

Desde el año 2009, el colegio opera en su sede campestre, ubicada en la vía a La Aguadita, frente al paradero La Clarita. En este lugar se ha construido una planta física que cumple con todas las exigencias del Ministerio de Educación Nacional, con amplios espacios destinados a la recreación y el deporte.

Así es el Colegio Militar Academia Pantano de Vargas, una institución que, bajo el lema «Dios – Ciencia – Lealtad», ofrece un modelo educativo sólido, comprometido con la formación integral de sus estudiantes, inculcando disciplina como base para transformar la vida de los jóvenes y construir una Colombia mejor.